L’apparition du variant Omicron a nécessité la mise en place d’une nouvelle stratégie de criblage par le ministère des Solidarités et de la Santé, permettant de détecter plus précisément les suspicions de cas d’infection liés à ce variant. Déployée depuis le 20 décembre 2021 et adoptée par l’ensemble des laboratoires, elle permet de produire cinq nouveaux indicateurs en open data à retrouver sur la plateforme Géodes, le site data.gouv.fr et le tableau de bord InfoCovidFrance.
Comme l'indique Santé Publique France, depuis le 20 décembre 2021, le criblage repose sur une stratégie qui cible une combinaison de mutations permettant de suspecter plus précisément le variant Omicron (comme la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R). Les résultats de criblage sont ensuite saisis dans le système d’information SI-DEP qui s’est adapté pour ajouter un nouveau code (D) aux trois déjà existants et représentant les mutations présentes dans les trois précédents variants d’intérêt recherchés (A, B et C, pour les variants alpha, bêta et Delta). Cette nouvelle nomenclature permet la saisie par les laboratoires de biologie médicale des résultats de criblages complémentaires ciblant les mutations portées par Omicron.
Tableau de correspondance
Comment interpréter ces résultats ?
Un résultat "A0C0" signifie que les mutations E484K et L452R ne sont pas présentes, ce qui permet de suspecter le variant Omicron.
Un résultat "D1" signifie qu'au moins une des mutations associées à ce code est présente, et donc de préciser le signal.
Ces résultats sont ensuite confirmés par séquençage complet du génome viral, technique de référence pour l’identification des variants.
Cinq nouveaux indicateurs disponibles en open data
Après s’être assurée de l’adoption par le plus grand nombre de laboratoires de la nouvelle stratégie de criblage et de la qualité, la fiabilité et la complétude des données remontées, Santé publique France met à disposition les nouveaux indicateurs suivants :
- Nombre de PCR de criblage et pourcentage de tests criblés rapportés à l’ensemble des tests positifs réalisés (RT-PCR + TA).
- Proportion de tests avec présence de E484K parmi les tests criblés où la mutation est recherchée et interprétable.
- Proportion de tests avec présence de L452R parmi les tests criblés où la mutation est recherchée et interprétable.
- Proportion de tests avec absence des mutations E484K et L452R parmi les tests criblés ou les deux mutations sont recherchées et interprétable.
- Proportion de tests avec présence de l’une ou plusieurs des mutations suivantes : DEL69/70, K417N, S371L-S373P ou Q493R parmi les tests criblés où l’une des mutations est recherchée et interprétable.
Ces indicateurs sur sept jours glissants sont disponibles quotidiennement sur la plateforme Géodes et le site data.gouv.fr à compter du 6 janvier 2022 avec un historique reconstitué depuis le 1er novembre 2021. Ils sont déclinés à l’échelle nationale et régionale et prochainement au niveau départemental.
Le tableau de bord InfoCovidFrance évolue également. Le graphique relatif au « Criblage des mutations d’intérêt » présente désormais les indicateurs de suivi d’Omicron.
Seront ainsi présentés les indicateurs suivants :
• « Suspicion Omicron - Taux d’absence des mutations E484K et L452R ».
• « Suspicion forte Omicron - Taux de présence de l’une des mutations K417N ou del69/70 ou S371L-S373P ou Q493R ».
• « Suspicion Beta/Gamma - Taux de présence de la mutation E484K ».
• « Suspicion forte Delta - Taux de présence de la mutation L452R ».
• « Taux des tests criblés ».
Pour en savoir plus :
• Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2
• Consortium EMERGEN
• Les enquêtes FLASH