COVID-19 : les nouveaux kits de dépistage pour identifier les variants

La Direction générale de la santé (DGS) a donné ses directives quant au déploiement des kits de dépistage virologique spécifique aux variants connus du Sars-Cov-2. Elle annonce également le renforcement du dispositif de contact tracing.

Disponibles depuis le 23 janvier, les kits spécifiques à l’identification des variants du virus sont à utiliser sur la base d’un premier test RT-PCR positif. Le second test permettant ainsi de détecter «une ou plusieurs variantes connues à ce jour et à minima la variante VOC 202012/0», indique la DGS.

Cette double analyse ne concerne pas les tests antigéniques. Cependant les personnes diagnostiquées positives à la suite d’un test antigénique et se trouvant dans une situation à risque «doivent être invitées» à réaliser ce second test. Sont spécifiquement visées les personnes revenant de voyage, se trouvant dans un cluster ou une zone d’augmentation forte et inexpliquée. Dans ces deux dernières situations, la seconde vague de RT-PCR ne doit-être effectuée que sur certains cas pour échantillonnage. Les laboratoires doivent conserver ces prélèvements, pour réaliser ce second contrôle. Ils doivent donc envoyer ces échantillons aux plateformes en charge de ce deuxième test. Le système d’information du dépistage (SI-DEP) a été mis à jour afin de saisir les résultats de cette deuxième RT-PCR.

Une orientation spécifique des prélèvements

Les échantillons de personnes de retour de l’étranger doivent être séquencés en priorité, «uniquement s’ils n’ont pu faire l’objet d’un deuxième test réalisé avec un kit de criblant les variantes, dans le réseau des laboratoires de biologie médicale disposant de la capacité du séquençage ou d’autres capacités de séquençage identifiées par les ARS et répondant au cahier des charges du Centre national de référence (CNR)», détaille la DGS.

Pour les personnes issues de clusters ou de zones à augmentation forte et inexpliquée du taux d’infection, les prélèvements doivent être orientés vers les laboratoires liés au réseau CNR-ANRS. Toutefois, ces prélèvements doivent répondre à des caractéristiques et des renseignements spécifiques aux recommandations du CNR et détaillés par l’Institut Pasteur.

Un contact tracing renforcé

La DGS prévient d’abord que «dans tous les cas […] il est impératif de ne pas attendre les résultats du test de criblage aux variantes pour lancer le processus de contact tracing et d’isolement». La notion de "contact à risque" doit être interprétée de manière large: en cas de doute, le patient doit être considéré comme ‘’à risque ‘’.
La chaîne de contamination doit être investiguée de manière plus extensive. La sensibilisation de «deux niveaux de transmission potentielle à la nécessité de prendre des mesures de précaution est d’une importance absolue». Les personnes contact à risque doivent donc contacter leurs personnes contacts.

Un résultat positif issu de ces kits spécifiques déclenchera «de manière prioritaire des actions de contact-tracing renforcées autour du cas par l’ARS et l’Assurance Maladie», précise la DGS.

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