Une stratégie nationale contre un variant indétectable par les tests classiques

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Récemment identifié en Bretagne par séquençage, un variant du Sars-Cov-2 échappe aux tests naso-pharyngés. En conséquence, une nouvelle conduite pour les établissements de santé a été définie par les autorités sanitaires, notamment par la Direction générale de la santé (DGS).

Ce variant du Clade 2O C a été détecté à partir d'un cluster du centre hospitalier (CH) de Lannion, dans les Côtes-d'Armor. Sur les 79 cas d'infection, 8 sont porteurs de ce nouveau variant. Il a rapidement été mis sous surveillance, en raison de tests RT-PCR négatifs chez des patients symptomatiques.

Via un message d'urgence publié le 15 mars, les autorités sanitaires détaillent une stratégie nationale afin de mieux détecter et surveiller ce nouveau virus. Ce dispositif associe Santé publique France, les centres nationaux de référence (CNR) et les laboratoires d'analyse pour un suivi géographique. Pour l'instant, les recherches n'ont pas permis d'identifier une transmibilité accrue ou un plus grand taux de cas sévères.

Une stratégie collaborative

Ce 30 mars, la DGS a détaillé la conduite à adopter face au variant « breton », nommé Clade 2O C. À cet effet, Santé publique France a établi un protocole national de signalement et d'investigation de cas suspects en dehors de la zone bretonne.

Les professionnels de santé doivent alors alerter l'ARS, via un questionnaire spécifique. Tous les cas évocateurs répondent à un critère clinique, biologique et épidémiologique. Attention, les trois critères doivent être présents avec ce variant.

L'enquête sera réalisée par l'ARS ou par une cellule régionale de Santé publique France via le même questionnaire. Le séquençage final du génome entier sera réalisé sur les prélèvements effectués.

Trois types de cas

L'infection ne pouvant être confirmée que par ce séquençage, Santé publique France établit une conduite à suivre pour les trois catégories de cas: possibles, probables et confirmés. Pour ces deux derniers types, une stratégie de contact tracing a été mise en place : un renforcement de la stratégie de dépistage. Pour les cas confirmés, un suivi de l'excrétion viral doit être établi. Un prélèvement profond doit être effectué tous les 3 à 5 jours.

La nature du variant doit être indiquée avec l'ajout de la mention 20C, pour les cas possibles. Pour les probables, la base doit être enrichie de précisions « 20C clinique » ou « 20C épidémiologique ». La mention « variant 20C confirmé par séquençage » est attendue pour les cas confirmés. Toutefois, Santé publique France détecte des cas spécifiques avec un résultat faiblement positif par RT-PCR.

Un prélèvement profond est alors demandé dans un centre national de référence (CNR), « pour augmenter les chances d'obtenir un résultat positif et de pouvoir caractériser le virus en cause », précise Santé publique France.

Une distinction entre les établissements de santé

Pour les structures de santé, le principal objectif est de mesurer la circulation du Clade 20C dans les établissements. Cette démarche distingue deux catégories d'établissements : ceux en lien avec le cluster de Lannion et ceux sans lien.

Pour les cas probables ou potentiellement symptomatiques, dans le personnel comme chez les patients, une détection virale est attendue. Un premier prélèvement profond lors de la suspicion, un autre sept jours plus tard. À noter qu'un suivi plus régulier est attendu pour les cas confirmés. La sérologie doit se faire en trois étapes : un premier prélèvement lors de la suspicion, un deuxième dix jours plus tard et un troisième, onze jours plus tard.

Pour les cas asymptomatiques et contacts à risque, une analyse transversale dans toute la structure est conseillée avec une détection virale lors de la suspicion puis une semaine plus tard.

Pour les structures sans lien avec le cluster de Lannion, le dispositif n'est pas le même. Seuls les patients hospitalisés qui présentent des symptômes compatibles avec la Covid-19 sont soumis à la même détection virale et sérologie que les cas probables.

Modalités de prélèvements

Les CNR expliquent les conditions de réalisation des prélèvements, lors de la détection virale. Ils insistent notamment sur le port d'équipements de protection adaptés aux prélèvements profonds à risques d'aérosols.

En fonction du lien avec le cluster de Lannion, les prélèvements ne sont pas destinés aux mêmes circuits d'analyse. Les établissements sans lien doivent imméditament envoyer les prélèvements, pour un séquençage complet, à l'une des plateformes d'analyses réparties sur le territoire. Ceux ayant un lien doivent fournir leur prélèvements à l'Institut Pasteur.

Dans une annexe, Santé publique France précise également qu'en « cas de nécessité diagnostique urgente sur site, un aliquote devra être immédiatement envoyé en parallèle au CNR PAsteur, sans attendre le résultat du site ».

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